Darwin Core

Introduction

Darwin Core (DwC) est un ensemble de standards pour le partage des données de biodiversité. Il a été développé par le groupe international Biodiversity Information Standards (TDWG) et permet aux propriétaires des données de publier leurs informations dans un format (e.g. archives Darwin Core) qui pourra être compris et utilisé par tous. Le texte suivant est traduit du site Web de Darwin Core:

Darwin Core est un ensemble de standards. Il comprend un lexique des termes (en anglais). Dans d’autres contextes, ceux-ci pourraient être désignés comme : propriétés, éléments, champs, colonnes, attributs ou concepts. Ces termes permettent le partage d’informations sur la diversité biologique en fournissant des définitions de référence, des exemples et des commentaires. Darwin Core s’appuie principalement sur les taxons et leur présence dans différents écosystèmes, telle que démontrée par les observations, les spécimens, les échantillons et d’autres informations connexes. Des documents sont inclus, décrivant l’utilisation des termes et comment ils peuvent être élargis à de nouveaux usages. Le Simple Darwin Core prescrit un usage spécifique des termes permettant de partager des données sur les taxons et leur présence d’une manière simple et structurée. C’est probablement ce qu’on veut dire si on vous suggère de formater vos données en “suivant Darwin Core”.

Documents

• Site internet de Darwin Core
• Liste de tous les termes Darwin Core (également disponible sous forme de document Google )

• Canadensys – Darwin Core mapping, une liste de tous les termes Darwin Core utilisés par les jeux de données publiés via Canadensys (utile pour comparaison).
• Les 7 étapes pour publier vos données, notre guide pour vous aider à publier des données de biodiversité sur Canadensys.
• Les articles du blog relatifs au format Darwin Core.

• Apple Core, un guide Darwin Core pour les herbiers.
• Les archives Darwin Core sur le site de GBIF.
• Archive Darwin Core, détails techniques sur l’archive Darwin Core en tant que fichier texte compressé + metadonnées.
• Simple Darwin Core, détails techniques sur le format Darwin Core en tant que fichier simple.
• Wieczorek, J. et al, 2012. Darwin Core: An evolving community-developed biodiversity data standard
• The Darwin Core Hour, une série de webinaires, organisés par iDigBio, autour des standards Darwin Core.

Outils

• Outil de publication intégré de GBIF (Integrated Publishing Toolkit ou IPT), l’outil le plus complet pour générer, publier et enregistrer des archives Darwin Core. C’est l’outil utilisé par GBIF et Canadensys.
• Darwin Core Archive Validator, un outil développé par GBIF afin de vérifier et valider les archives Darwin Core.
• Darwin Core Archive Assistant, un outil développé par GBIF afin de générer le fichier meta.xml pour votre archive Darwin Core.
• Darwin Core to SQL, un outil Java développé par Canadensys afin de traduire la structure et le contenu de votre archive Darwin Core en SQL.
• Liste de tous les outils proposés par GBIF

Conversion Darwin Core

L’une des premières étapes de la publication de vos données est la conversion de vos données, ou « mapping », de leur format actuel au format Darwin Core. Vous pourriez, par example, avoir le champ Collecteur dans votre base de données ou votre tableur. Celui-ci correspond au terme recordedBy en format Darwin Core. Dans certains cas, cette conversion ne sera pas aussi directe. C’est pour cette raison que nous vous offrons notre aide lors de la conversion de vos données au format Darwin Core. Pour de plus amples informations, référez-vous à l’étape 4 de notre guide de publication ou jetez un oeil sur la liste des termes Darwin Core utilisés par les autres jeux de données publiés via Canadensys.

Devriez-vous utiliser le format Darwin Core lorsque vous construisez votre base de données ?

Le format Darwin Core a été développé pour partager des données de biodiversité, et non pas pour gérer des données. Vous devriez en premier lieu construire votre base de données/tableur de la manière qui répond le mieux au besoin de votre collection, mais la liste de tous les termes Darwin Core ou de ceux utilisés par les autres jeux de données au sein du réseau Canadensys vous donne une idée des champs que vous pourriez inclure et comment vous pourriez les partager en format Darwin Core par la suite.