Formation : introduction à la publication de données biologiques

Thursday, 17 August 2017

En partenariat avec l’ABQ, Canadensys a offert deux formations ce printemps aux biologistes ou organismes intéressés à publier leur données sur Canadensys et GBIF.

S’échelonnant sur une journée complète, la formation a été divisée en deux parties.

Association des Biologistes du Québec (ABQ)

L\’Association des Biologistes du Québec (ABQ) est un regroupement de plus de 800 biologistes à travers la province. Elle vise à soutenir ses membres dans la pratique de leur profession auprès des citoyens et organismes afin de favoriser la protection des intérêts du public sur les enjeux à caractère biologique. Cet organisme a but non lucratif reconnait les différents volets de la profession de biologiste et agit comme gestionnaire de réseau professionnel en organisant un congrès annuel, des formations tout au long de l’année, en rédigeant une revue et représentant ses membres aux tables provinciales et municipales.

1ère partie : Canadensys et le réseau de l’informatique de la biodiversité

La première partie visait essentiellement à présenter Canadensys, GBIF et les standards de publication des données de biodiversité. Une explication des différents outils de publication et de visualisation de Canadensys était également au programme, ainsi qu’une présentation des outils que nous utilisons pour vérifier et nettoyer les données.

La plupart des participants étant des écologistes, intéressés à publier des données d’échantillonnage, une emphase particulière à été mise sur la manière de publier ce type de données ainsi que les mesures biotiques et abiotiques qui y sont souvent associées.

Le PDF de la présentation est disponible ici.

2nde partie : Passons à la pratique !

Chacun des participants a été invité à travailler sur son propre jeu de données et à réaliser les étapes suivantes :

• Créer une ressource sur l’IPT de Canadensys et commencer à remplir les métadonnées.
• Utiliser OpenRefine, R ou Excel (non recommandé) pour préparer leur jeu de données, en validant les informations taxonomiques et la géolocalisation.
• Vérifier les termes DarwinCore utilisés dans la liste des termes recommandés, ajouter certains termes au besoin, vérifier la standardisation des données.
• Si nécessaire, faire une demande auprès de GBIF pour enregistrer leur organisation et ainsi pouvoir publier leurs données.

Les participants n\’ont bien entendu pas eu le temps, en une journée, de préparer et publier leur jeu de données. Canadensys continue donc son travail auprès d’eux afin de les accompagner dans la préparation et la publication de leurs données.

Aucune autre formation n’est prévue pour 2017, mais si vous êtes intéressé à y participer en 2018, n’hésitez pas à nous contacter pour nous faire part de votre intérêt et de vos besoins.