Interprétation des termes Darwin Core

Cette page décrit l’interprétation et la mise en application des termes Darwin Core dans l’Explorateur de Canadensys.
** Ce symbole annonce la manière dont l’information provenant de la rubrique concernée sera présentée par Canadensys et l’Explorateur.

Darwin Core Archive

Une Darwin Core Archive (DwC-A) (ou Archive Darwin Core) est la principale unité de référence dans l’Explorateur afin de conserver la synchronicité avec les sources qui produisent ces documents. En l’absence d’un mécanisme de création d’identifiants uniques au niveau mondial, nous utilisons une combinaison de fichier source (DwC-A) et d’ID central unique pour identifier un enregistrement dans l’Explorateur de manière spécifique.

Darwin Core Terms pour les données d’OCCURRENCE– Fichier Source

institution

Une Archive Darwin Core peut contenir des enregistrements provenant de plusieurs institutions. Dans la plupart des cas, institutionCode identifie une institution de manière unique bien que ce ne soit pas garanti.

institutionCode : Le nom (ou l’acronyme) en usage dans l’institution. De préférence, utilisez le nom de l’institution en entier. **Utilisé lors de la création de citations sur la page de présentation de l’occurrence et inclus dans le courriel de téléchargement des données d’une requête sur l’Explorateur.
Exemple : Université de Montréal Biodiversity Centre
institutionID : Un identifiant pour l’institution en charge de l’objet(s) ou de l’information auquel se réfère l’enregistrement.
ownerInstitutionCode : Le nom (ou acronyme) en usage dans l’institution qui possède l’objet(s) ou l’information auquel se réfère l’enregistrement. De préférence, utilisez le nom de l’institution en entier.
Exemple : Université de Montréal Biodiversity Centre

collection

Une Archive Darwin Core peut contenir des enregistrements provenant de plusieurs collections (e.g. collections botaniques et entomologiques).

collectionCode : Le nom, acronyme, code ou initiales de la collection ou jeu de données d’où provient l’enregistrement. De préférence, Utilisez le code de la collection s’il est connu .
Exemple : MT
collectionID : Un identifiant pour la collection (ou le jeu de données) d’où provient l’enregistrement. Pour les spécimens physiques, utilisez de préférence l’identifiant d’un registre de collections.
Exemple : urn:lsid:biocol.org:col:14437

dataset

Une Archive Darwin Core peut contenir plusieurs jeux de données (e.g. des groupes distincts de données représentant des inventaires d’insectes effectués sur différentes années) et datasetID n’est pas unique au niveau mondial.

datasetID : Un identifiant pour le jeu de données. Peut être un identifiant mondial unique ou un identifiant spécifique à la collection ou l’institution. De préférence, utilisez un lien URL de la page internet d’une collection. La page peut être l’outil de publication intégré ( IPT) où l’Archive DarwinCore est disponible ou un identifiant unique mondial tel qu’un DOI.
Exemple : http://dataset.canadensys.net/mt-specimens
datasetName : Le nom du jeu de données d’où provient l’enregistrement. De préférence, utilisez le nom de la collection ainsi que son code entre parenthèses.
Exemple : Marie-Victorin Herbarium (MT)
catalogNumber : Identifiant au sein de la collection pour un spécimen (généralement unique mais pas toujours). Uniquement pour les spécimens de collection. Ne doit pas être utilisé pour des données d’observation. **Utilisé pour générer une proposition de citation pour les données de spécimens.
recordNumber : Identifiant (généralement unique, tout du moins pour une même journée d’échantillonnage) donné à l’occurrence au moment de l’enregistrement, l’observation ou la récolte sur le terrain. Souvent utilisé comme lien entre les notes de terrain et un enregistrement d’occurrence.
fieldNumber : Identifiant donnée à l’évènement sur le terrain. Souvent utilisé comme lien entre les notes de terrain et l’événement.
Exemple : 950802T5Q32 (pour une occurrence récoltée dans le Quadrat 32 du Transect numéro 5 le 2 août 1995).
otherCatalogNumbers : Une liste (concatenée ou séparée) de numéros de catalogue anciens ou alternatifs, ou d’autres identifiants utilisés par le passé dans ce jeu de données ou un autre, pour décrire cette même occurrence (spécimen ou observation).

licence

license : L’information au sujet des droits concernant la ressource. Généralement, cette information sur les droits inclut une déclaration sur les divers droits de propriété associés avec la ressource, incluant les droits à la propriété intellectuelle. De préférence, utilisez CC0 ainsi qu’un URL vers les normes d’utilisation attendues de la communauté.
Exemple :http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/ & http://www.canadensys.net/norms
rightsHolder : Une personne ou organisation possédant ou gérant les droits sur la ressource. De préférence, déclarez qui ou quelle organisation a renoncé à ses droits sur les données.
Exemple : Université de Montréal Biodiversity Centre
references : Lien URL direct vers la page originelle de l’enregistrement si une telle page existe. **Utilisé sur la page de présentation de l’occurrence comme lien direct vers la ‘source’.
Exemple : http://www.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=TTOFW594-08

associated data

associatedSequences : Tombe en désuétude avec l’arrivée de nouvelles extensions pour les séquences génétiques. Pour l’instant, utilisez de préférence le format SequenceProvider:ID avec ‘GenBank’ ou ‘BOLD’ comme actuels SequenceProvider. Pour présenter plusieurs séquences, séparez-les par le symbole | (pipe). **L’ID de la séquence sera utilisé pour rediriger vers la page internet de la séquence.
Exemple : GenBank:KC251377|BOLD:TADCR103-10.rbcLa|BOLD:TADCR99-10.rbcLa

event

verbatimEventDate : Informations concernant la date telles qu’elles ont été inscrites initiallement (e.g. sur la première étiquette).
Exemples : le 5 janvier de l’an 1983 ; on the 3rd Monday of the month of June 1850 ; Thanksgiving 1935.
year, month, day (3 rubriques distinctes) : Fonctionne pour des événement d’une journée, ou pour représenter des dates partielles, pas pour des intervalles de temps.
eventDate : Information concernant la date. De préférence, utilisez ISO 8601, c’est-à-dire AAAA-MM-JJ.
Pour des dates partielles: ‘AAAA-MM’ pour le mois, ou ‘AAAA’ si seule l’année est connue.
Seule représentation valide pour des intervalles de temps : ‘AAAA-MM-JJ/AAAA-MM-JJ’. Exemple pour un piège ouvert pendant 3 jours : 2014-05-06/2014-05-08

location – termes liés à l’altitude

verbatimelevation : L’altitude (au-dessus du niveau de la mer) telle qu’inscrite à l’origine. **Ne sera pas utilisé dans les filtres de l’Explorateur, mais sera affiché sur la page de présentation de l’occurrence
minimumelevationinmeters et maximumelevationinmeters : l’altitude minimale et maximale, en mètres, connues pour cet enregistrement (attention à ne pas inscrire l’altitude en pieds).
Si on connaît l’altitude exacte (Exemple : 200m), remplissez les 2 rubriques avec la même valeur.

plusieurs rubriques de « Remarks »

occurenceRemarks : Concerne l’objet observé ou le spécimen lui-même.
Exemple : Trouvé mort sur la route
eventRemarks : Information additionnelle sur le lieu et le moment de l’enregistrement / la récolte : y avait-il quelque chose de particulier en ce jour et cet endroit qui aurait pu influencer sur la présence de l’occurrence?
Exemples : pluie abondante les 3 jours précédents (→ ravinement du terrain par les eaux qui a fait apparaître des spécimens auparavant à peine visible à la surface du sol) ; rains for 3 days before this record, the river is nearly at flood stage ; saison de chasse, coup de feu entendu 3 minutes avant (→ observation de dizaine de canards noirs) ; incendie de la forêt il y a 6 mois (Août 2012 – 130km2) (→ new species) ; aucune précipitations depuis 90 jours (→ floraison d’une plante)/p>
locationRemarks : Détails décrivant le lieu sur le long terme (e.g. pour donner une idée de la probabilité de retrouver un autre spécimen à cet endroit).
Exemples : zone inondée par un barrage à castor depuis 2005 ; zone protégée (Banff National Park).
georeferenceRemarks : Commentaires sur la détermination de la géolocalisation: clarification, ajouts ou contradiction de la méthode générale décrite dans georeferenceProtocol.
Exemples : distance supposée par rapport à la route (Hwy 101) ; disfonctionnement du GPS, les coordonnées à utiliser avec prudence.
identificationRemarks : Notes expliquant le processus de détermination.
Exemple : Distinction entre Anthus correndera et Anthus hellmayri basée sur la comparaison de la longueur de …
taxonRemarks : Commentaires sur le taxon ou le nom.
Exemple: « this name is a misspelling in common use »

Darwin Core Terms pour les données de CHECKLIST– Fichier Source

acceptedNameUsageID : obligatoire pour les synonymes, redirige vers le taxonID accepté dans le même fichier source.
Ne rien inscrire si c’est identique à taxonID.
acceptedNameUsage : obligatoire pour les synonymes , indique le nom accepté / valide du taxon (représenté par acceptedNameUsageID). Ne rien inscrire si c’est identique à scientificName.
parentNameUsageID : ID utilisé pour la classification, redirigeant vers le ‘most proximate higher-rank parent taxon’. Ne rien inscrire si c’est le taxon source (e.g. Equisetopsida) et tout synonyme.
parentNameUsage : utilisé pour la classification, redirigeant vers le ‘most proximate higher-rank parent taxon’. Ne rien inscrire si c’est le taxon source (e.g. Equisetopsida) et tout synonyme.
scientificNameAuthorship : L’information d’autorité pour le nom scientifique suivant les conventions du Code de nomenclature approprié.
Exemple en botanique : (Hooker ex Goldie) A. Gray
scientificName : Le nom scientifique au complet de la dernière détermination, avec l’autorité et la date si connue, et suivant les conventions du Code de nomenclature approprié. Cette rubrique ne devrait contenir aucun commentaire ou qualification d’identification.
Exemples en botanique : Hamamelis virginiana Linnaeus ; Abies balsamea (Linnaeus) Miller ; Abies balsamea var. phanerolepis Fernald (le cas échéant, selon la convention en botanique, utilisez uniquement l’autorité pour l’infra-espèce)